Basé sur son prédécesseur, le XDJ-1000MK2 améliore la facilité d'utilisation grâce à une navigation améliorée sur les pistes et à la prise en charge des fichiers audio FLAC et ALAC haute résolution. Il hérite de la grande molette et de l'écran tactile couleur 7 pouces du CDJ-2000NXS2, ainsi que de fonctionnalités telles que 8 Hot Cues et Quantize.